Nakon bijega iz centralnog zatvora, zamrzavajući alhemičar, Isaac Mcdougal, postavlja svoj plan u pokretu za ubijanje Führer kralja Bradleya. Međutim, pod zapovjedništvom pot pukovnici Roynga, vojne i državne alkemičare pokušavaju ga zaustaviti.

Na putu za Lioor, Ed i Al podsjećaju na događaje koji ih vode zarobljeni u svojim trenutnim tijelima kršenjem tabu ljudske transmutovanja. U međuvremenu, pukovnik Mustang osvrće se prvi put kad je upoznao braću eliri.

Ed i Al stižu u grad Lior, nadajući se da će naći legendarni filozofski kamen kako bi mogli vratiti svoja tijela natrag u normalu. Tamo su upoznali sveštenika po imenu Cornello, koji je u stanju da izvrši "čuda". Kako ed i al istražuju, otkrivaju istinu o Cornellou.

ED i AL postaju zainteresirani za biološku transmutaciju nakon svjedočenja himerije u Lionisu, pa ih pukovnik Mustang uvodi stručnjaku na terenu, Shou Tucker, alhemičar koji obvezuju život. U međuvremenu, serijski ubica čiji su ciljevi samo državni alkemičari u središnjem.

Nakon učenja o onome što se dogodilo s Shou Tuckerom i njegovom kćerkom Nini, elrić braća počinju ispitivati šta je alkemija zaista. U međuvremenu, pukovnik Mustang i ostali državni alkemičari nude serijski ubica.

Nakon susreta sa ožiljkom, ED-ov automail i al's oklop treba popraviti, tako da ih major Armstrong prati u rodnom gradu Risembool-a. Na putu, oni uoče dr Marcoh, naučnik koji je pomogao u stvaranju filozofherovog kamena i pokušati ga uvjeriti da im daju lokaciju podataka o istraživanjima kamena.

Kada ED i AL stižu u središnju biblioteku otkrivaju da je izgorjela na zemlju i umjesto toga uzima se da vidi Sheska, bivšeg zaposlenika koji mogu imati informacije koje traže. U međuvremenu, u istočnom gradu je neobjašnjivu eksploziju izaziva pukovnik Mustang da ponovo pokrene potragu za ožiljkom.

Ed i Al Sneak unutar pete laboratorije za traženje više odgovora o porijeklu filozofnog kamena. Međutim, nije mnogo prije nego što su napadnuti bivši ubici smrtnih reda koji sada čuvaju kompleks.

Ed je sada u bolnici koja se oporavlja od rana, a Al nije u stanju pustiti kakav je rekao broj 66 u petoj laboratoriji. U međuvremenu, Weunry pristaje da napravi putovanje u središnju kako bi popravio Ed's Automail ... Ponovo!

Kad zavjera oko zavere filozofskog kamena zatvara se na najvišim redovima vojske, ubijen je jedan od najpouzdanijih i njegovanih savezničkih saveznika.

Elrik, realiziraju alkemiju još uvijek nije otključao misterije stvaranja života, osjećati se nemoćno kad novi prijatelj uđe u rad. Zbir, međutim, skoči u akciju sa mladim lopovom po imenu Paninya.

Dok posjećuju Izumi, njihov učitelj djetinjstva, elrics se prisjećaju ranih poteškoća u hvatajući ekvivalentni razmjenu. Oni također otkrivaju da dijeli njihovo intimno znanje o najvećem tabu Alhemyju.

Al je oteli himeras koji su vodili naizgled neuništiv homunul poznat kao pohlepa. Kada pokušaj spašavanja Ed padne kratak, Izumi se još jednom dokazuje da ima na umu najbolje interese braće.

U nasilnom sukobu sa pohlepom, kralj Bradley se pokazuje kao brutalni protivnik. Ali čovek koji konačno uništava krajnji štit snažnije je od čak i samog Fuhrera.

ELRIK-ovi se tuguju sa Lingima Yao-a i njegovim polaznicama, navijaču LAN-a i Fu, posjetiteljima iz XING-a koji traže filozofski kamen. Ed možda ne voli da ga ne voli, ali ling Yao ne odlazi dok ne dobije ono što želi.

Nakon učenja Hughesove sudbine, Ed i Al su opustošeni tugom i krivicom. Zavist se još uvijek skriva u običnom prizor među državnim alkemičarima, a drugi homunul je na rubu infiltracije njihovih redova.

Oslobođen od strane malo većeg oslobađanja oslobađanja, Ross-ov bijeg prekida mustang. Čak i oni najnivniji alhemičaru plamena uzdrmaju kontroverznu akciju koju je poduzeo protiv optuženog ubica Maesa Hughesa.