Makoto Naegi, prosječni student, unose prestižnu Kibōgaminu akademiju za talentovane studente. Međutim, trenutak Makoto koraka unutar školskog terena, on padne u nesvijest i probudi se u spavaonici koja je oslanjala sigurnosne kamere i čelične ploče. Nakon upute za bilješku za sastavljanje u teretani, Makoto nalazi 14 drugih jedinstvenih studenata u sličnoj situaciji, uključujući školski idol iz svoje stare srednje škole, Sayaka Maizono. Pojavljuje se samoproglašena glavnica, namijenjeni medvjed pod nazivom Monokuma, najavljujući da će studenti ostati u školi do kraja života, sa samo onima koji ubijaju drugog učenika koji mogu otići. Studenti provode narednih nekoliko dana pretražujući školske terene kako bi pokušali pronaći alternativni izlaz. Kad monokuma obavijesti nikome nema određenog motiva za ubijanje nikoga, pokazuje svakog učenika personalizirani DVD motivirajući ih da pobjegnu.

Kako Makoto pokušava rasti naviknuti na situaciju, on uči iz monokume o neispravnim vratima u tuš kabini. Nakon toga, Sayaka dolazi u Makotonu sobu, rekavši da se boji da neko može biti nakon nje, pa Makoto nudi da prebacite sobe sa njom da bi je lako prebacilo da bi je lako prebacilo da bi je lako prebacilo sobe da bi je lako prebacilo. Sledećeg dana, međutim, Makoto otkriva svoju sobu u neredu i užasnut je da pronađe Sayaka kako leži mrtva u tuš kabini, kad je ubodan u stomak sa kuhinjskim nožem. Kako Makoto naljuti ovom tragičnom skretanju događaja, Monokuma objašnjava da je jedan od učenika odgovoran za njeno ubojstvo i oni moraju suditi sami sami ko je ubojica u "suđenju klasu". Ako se kriv krivnje uspješno zaključuje, ta osoba će biti izvršena, ali ako optužuju pogrešnu osobu, krivca će doći da pobjegne od akademije dok će svi ostali biti u smrt.

Kako počinje suđenje, plivač AOI Asahina svjedoči da je ona i borilački umjetnik Sakura Oogami svjedokom Sayake ulaze u kuhinju, tokom kojih je ukraden jedan od kuhinjskih noževa, koji su korišteni kao oružje za ubistvo, ukradeno. U međuvremenu, Kyouko dokazuje Makotono nevinost ukazujući na to, jer se njegova tuš soba nije imala bravu, ne bi trebao razdvojiti vrata. Nakon zapita kako je krivac ušao u sobu na prvom mjestu, Kyouko predstavlja dokaze koji je otkrio da je namerno pozvao nekoga u sobu, što znači da je Sayaka zapravo ubio zločin na Makoto, samo da bi se umjesto njega ubijeo na makotu i umjesto njega. Sjećajući se poruke napisane u krvi, Makoto određuje da je "11037" zapravo naopako pravopis "Leona" i optužujući bejzbol zvijezdu Leon Kuwata o zločinu.

Nakon suđenja u klasi, Monokuma daje pristup drugom spratu Akademije, koji sadrži biblioteku i bazen sa rodno podijeljenim mijenjačkim sobama. Iako pretražuju biblioteku, grupa pronalazi slomljeni prijenosnog računala i pismo koje označava da je najveća akademija nade zapravo zatvorena godinama, zajedno sa ostavom ispunjenim poverljivim datotekama. Kako su prostori za promjenu bazena zahtijevaju da se elektroidi otključavaju, monokuma uvodi školsku vlast da su studenti zabranjeni iz razmjene svojih elektroida. Kasnije, Makoto nailazi na pisac Touko Fukawa, koji ima nešto za hladnoću namućeno potomstvo, Byakuya Togami, prije nego što se učvrsti kao svjedok izdržljivosti između gangstera Mondo Oowada i moralnog kompasa Kiyotaka Ishimaru, koji završava međusobno.

Kako se suđenje u toku, Byakuya kaže da je Touko krivac jer ima disocijativni poremećaj identiteta, njena druga ličnost nijedna nijedna druga osim genociderskog sho. Sigurno se, kao Touko onesvijesti, njena ličnost prebacuje genocider koji, uprkos ležerno priznajući da je istinski ubistvo manijaka, negira ubijanje čihira dok uvijek koristi škare u svim svojim serijskim ubistvima. Biti jedini drugi koji je znao za zločine genocidera, Byakuya se sumnja da je za zločin, zar ne uskraćujući. Međutim, nakon što je Makoto Deduces Chihiro zapravo ubijen u dječakovoj sobi za promjenu, a kasnije otkriva da je Chihiro, u stvari križanje, Byakuya priznaje da je ubojica samo zanimljivi.

Nakon što drugi istražuju novootvoreni treći kat, koji sadrže recibionicu, umjetničku sobu i laboratoriju za fiziku, Monokuma najavljuje svoj sljedeći poticaj; Novčana nagrada od 100 milijardi jena do ko ko god diplomira, mada se čini da niko ne pada za to. Nakon toga, banda istražuju sobe za ormariće nakon AOI-ja koji vide Chihirov duh prethodne noći, što se ispostavilo da je laptop koji je izašao Chihiro prije njegove smrti, a koji je izašao A.I. Program pod nazivom Alter Ego, koji nudi da dešifriraju neke datoteke ostavljene na laptopu. Kao što je Kiyotaka, koja je mondona izvršila, pita ALTER EGO ako ga krivi za Chihirovu smrt, imitira Mondo da mu daju poticanje, što mu se čini da ga poticaje previše. ALTER EGO zatim pokazuje znatiželjnu fotografiju Leona, Chihiroa i Mondoa koji se družiju zajedno, što ne bi moglo uzimati tokom vremena koje se poznaju.

Hifumije umirujuće riječi ostavljaju većinu studenata uvjereni da krivca je Fortune Teller Yasuhiro Hagakure, koju pronalazi Kyouko u blizini bazena zaglavljen u gore spomenutoj kostimu "Justice Robo". Yasuhiro, međutim, negira počinjenje bilo kakvih ubistava, tvrdeći da je izbačen nakon što su ga pozvali napomenu, koja je nakon toga nestala. Nakon što su Makoto i Kyouko završili svoju istragu mesta zločina, počinje suđenje klasu, gdje Makoto započinje za uvijanje za Yasuhirovo nevinost, koristeći dokaze da ne može osmisliti outfit, a kamoli nose leševe dok ga nosite. Nakon što Kyouko traži od suda da razmotri dva ubistva, Makoto odlučuje da je HIFUMI samo lažirao svoju smrt, a Kyoukov dokazi koji je ubio Kiyotaku, pomicanjem tijela u umjetnički ormar u kojem je ubijen.

Makoto čuje da je Sakura bila prisiljena postati Monokumina krtica dok je uzeo njenu porodičnu taocu. Kako Makoto osjeća da ne bi trebao preći na zaključke dok nije razgovarao sa Sakurom, Kyouko se nervira s njim što je čuvao tajne od nje. Nakon istraživanja četvrtog kata, koji sadrži neke zaključane sobe koje zabranjuje Monokuma, devojke su nadoknađuju alter ego, koji su izveli na nadu koja je došlo do ukidanja, teoretizacije da je istinski glavni direktor škole. Takođe otkriva još jednu čudnu fotografiju, ovaj put Sayaka, Celestia i Hifumi zajedno. Nakon toga, Monokuma najavljuje svima da je Sakura krtica, nadajući se da će donijeti drugo ubistvo. Dok AOI se naljuti sa srednjim riječima o Sakuri, ona završava ulazak u ogreboti sa genociderom, napuštajući Sakuru natjerano da su se natjerali nevinim ljudima.

Nakon istrage u laboratoriji hemika, počinje da Touko otkriva da je Touko, Byakuya i Yasuhiro dobila beleške iz Sakure, na koje su ih nazivali u Rec Room, gdje je bila svjedoka iz straha Yasuhiro Sakura. Međutim, Yasuhiro je krivca isključen kad je Makoto otkrio da je Sakura u stvari pogođen dva puta. Ovaj drugi hit otkriven je da je došao iz Touka nakon što je prešla da vidi Sakurinog krvavog čela i postala genocider, udarao je s drugom bocom. Međutim, ona je dokazana nevin kao mjesto koje je napalo Sakura razlikuje se od mjesta gdje je pronađeno njeno tijelo, a Byakuya je otkrila da je uzrok smrti zapravo bio otrov, pokazujući bocu otrova koji misteriozno sadrži proteinski trese. AOI najavljuje da je krivnjak, navodeći da je zamijenila Shakeov protein proteina s otrovom i dao joj je.

Kirigiri krade monokumu "blago". Upozorava studente da će svi biti podjednako kriv. Kasnije te noći, Togami otkriva da je Monokuma nestala iz reda. Sledećeg dana postoji novo telo.

Naegi i ostali su prisiljeni da sudjeluju u neugodnom suđenju u učionici za žrtvu o kojoj ne znaju ništa.

Nakon što je odobrio pristup svim prethodno zaključanim sobama, Makoto i Kyoko istražuju DORM-ov drugi kat i pronađite skrivenu sobu u smjernici za voditelj. Tamo otkriju ostatke Kjokovog oca, koji su umrli prije nego što je započela igra ubijanja, zajedno s SD karticom koja sadrži video intervjue svih učenika koji su u prilogu proveli u vrhuncu na nade, iako Monokuma povlači čep prije nego što se video prediftira. Dok se Kyoko bavi otkrićem da je njen otac više brinuo o njoj nego što je mislila, Makoto koristi e-priručnik za direktoru da otvori neke udžbenike, koji navode u Yasuhiro i beležnicu koji sadrže Kyokov rukopis, nagovještavajući da je na tome da je Kyokov rukopis, nagovještavajući da su tamo saznali dva "očaja". Nakon toga, Makoto posjećuje naučnu laboratoriju, koristeći se kao mrtvačnici, primjećujući neke znatiželjne rane na Mukurovom tijelu prije nego što je Monokuma dao fotografiju sa svim šesnaest učenika osim sebe. Kako bi se suđenje klasu ubrzo počinje, s Monokumom koji se pridružila Frayu, ostali studenti otkrivaju da su i dobili i slične fotografije, samo s njima nestale iz njihovih fotografija. Pitam se odakle su ti fotografije došle, Makoto otkriva knjige koje je pronašao, svražujući da su svako nestale neka njihova sjećanja, otkrivena da su ukrali Monokuma. Makoto tada optužuje Monokumu ubojstva Mukuroa, odlaganja da je Mukuro ubijen dva puta, ističući istinski uzrok smrti bili su rane na jeziku koje su naišli na njih. Nakon što Kyoko dokaže nevinost otkrivajući sramotne opekotine, Makoto deduce iz zatamnjenih dokaza Monokume, identitet krivca, Monokuminog kontrolera, a akademijskog gospodarstva, koji se ubrzo ne pojavi i otkriva da je istinski očaj za super-školske razine.

Sad kad je u masterMind otkriveni, Naegi i njegovi razrednici moraju otkriti misterije iza vrhunske srednje škole tokom završnog suđenja u učionici. Mogu se nadati pobedom očaja ili će mastermind izlaziti na kraju?