Nepoznata djevojka s nevidljivim rukama ili vektorima i telepatskim ovlastima bježe iz tajnog objekta. Sledećeg dana dva rođaka, Kouta i Yuka pronađu je. Ali ona se razlikuje od prije. Može reći samo jednu riječ, nyuu. Ne znajući ništa o njoj, dva rođaka uzimaju je unutra. Kurama, glavna naučnika iz efektilnosti u kojoj je pobjegla, poslala je nemilosrdnu čovjeka, Bando, nakon nje.

Offshore objekt na čelu sa naučnikom Kuramom, šalje posebnu radnu grupu, na čelu sa nemilosrdnim, hladnim atentatorom bandom, kako bi lovio Lucy na plaži u Kamakuri. Međutim, oni su naišli samo na nju nevinu "NYU" državu. Pogodno je preko glave Bando. Bando tada govori svom partneru da završi Nyu, ali pogodak vraća Nyu natrag u Lucy, koji ubija Bandov partner, i ide za Bandom. Lucy koristi vatreno oružje da puca i povrede Bando. Na kraju, Bando je rastavljen i zaslepljen. Lucy se vraća na NYU prije nego što je u stanju ubiti Bando. Ovdje se vidi da se Lucy i NYU prebacuju međusobno ovisno o događajima koji ih okružuju. Nakon što je povrijedio Bando, Kohta se stavlja u bolnicu, ali nije ozbiljno povrijeđen, a otpušta se satima kasnije, dok Yuka ide u potrazi za Lucyjem. Nailazi na leđa u kući i oprosti joj.

To je mirno nakon oluje ... ali mirna neće dugo trajati. Kurama i tajni objekt šalju dvije osobe nakon Lucyja. Jedan je novo zaceljen i jači bando. Drugi je diclonius baš kao i Lucy. U kući Kouta, Yuka i beskućnika po imenu Mayu razgovaraju o događajima koji su se dogodili prije dvije noći na plaži. Odjednom, nyuu klizne i pada. Ona šutira glavu i Lucy se budi u njoj.

Nakon obavljanja vojnika i Kurame u Lucyjevu, nana se suočava s njom i njih dvoje se počinju boriti na groblju. Može li Nana držati Lucy dovoljno dugo za Kuramu i ostale dolaze? U međuvremenu, sluha glasne zvukove na groblju, Mayu se spotakne na dvije borbe.

Otkrivena je tragična prošlost Mayua. Sjeća se natrag kad je pobegla od kuće. U školi, Yuka i Kouta novi profesor nijedan nije drugi od Yu Kakuzawa, šefa Kakuzawinog sina. On odmah obaviještava Nyuu kao Lucy i trikove Kouta da joj predaju njemu.

Bando bježi iz bolnice, još uvijek pokušava pronaći Lucy da udovolji njegovom semu protiv nje. Profesor Kakuzawa Yū-ove diskomitovano tijelo pronalazi njegov pomoćnik i Kohta. Dok tražite Lucy, Kohta i Yuka razvijaju se naprijed za drugo kako se prikazuju po poljubacama. Konačno, Lucy je našao Kohta i Yuka i vratio se kući.

Nakon borbe, Bando i Nana shvataju da su saveznici, a ne neprijatelji. Nana se slaže da će Lucy dovesti na plažu kad je osjeti. U međuvremenu, u hramu, Mayu susreće Nanu. Dvojica postaju prijatelji, a Mayu pristaje da Nanu vrati nazad u svoju kuću za hranu.

Nakon što Lucy izbacuje Nana Kouta joj se tende. Spava i oslobađa svoje djetinjstvo u snu, otkrivajući mnoge stvari o njoj. U međuvremenu, Nana kaže Mayu o Lucyju i Dicloniusu i Arakawa se zove na posao za direktora Kakuzawa ...

Otkriveno je više Lucyjeve prošlosti: njen sastanak sa Koutama, njihovo prijateljstvo koje će se završiti u tragediji, a razlog zašto je Lucy postao ubica koja je danas.

Lucy i Nana počinju se boriti, ali Mayu ih zaustavlja, a Lucy se vraća na Nyuu, zagrljajući Koutu i govoreći mu da mu se sviđa. Kasnije se otkriva Kurama prošlost i tako je više o dicloniusu.

Broj 35, Mariko, pušta se i odmah ubija vojnike oko sebe. Profesori, koji su bili pripremljeni za to, postavili su jedan od eksploziva unutar nje, uništavajući ruku. Kasnije su je lete tamo gdje su Nyuu i Nana. U međuvremenu, Nana uživa u životu u gostionici, ali Kouta joj kaže da i ona treba raditi. Čini se da stvari idu mirno koliko može dobiti ...

Mariko muči i igra se sa Nanom poput insekata dok je Kouta na njoj kako bi je zaštitio. Mariko vremenski gubi većere, zahvaljujući Nani i mora se vratiti natrag. Nyuu prati Kouta, ali kada vojnici počnu pucati na nju, pretvara se u Lucy. Vidjevši krvotoku Lucy, Kouta se sjeća svega ...

Yuka obavještava Mayu iz prošlosti Koute. U međuvremenu, Lucy i Mariko se međusobno pronalaze i suočavaju se u borbi. Sada, Nana i Kurama moraju pronaći Mariko, jer je Kurama treba ubiti ...