Nakon bijega iz centralnog zatvora, zamrzavajući alhemičar, Isaac Mcdougal, postavlja svoj plan u pokretu za ubijanje Führer kralja Bradleya. Međutim, pod zapovjedništvom pot pukovnici Roynga, vojne i državne alkemičare pokušavaju ga zaustaviti.

Na putu za Lioor, Ed i Al podsjećaju na događaje koji ih vode zarobljeni u svojim trenutnim tijelima kršenjem tabu ljudske transmutovanja. U međuvremenu, pukovnik Mustang osvrće se prvi put kad je upoznao braću eliri.

Ed i Al stižu u grad Lior, nadajući se da će naći legendarni filozofski kamen kako bi mogli vratiti svoja tijela natrag u normalu. Tamo su upoznali sveštenika po imenu Cornello, koji je u stanju da izvrši "čuda". Kako ed i al istražuju, otkrivaju istinu o Cornellou.

ED i AL postaju zainteresirani za biološku transmutaciju nakon svjedočenja himerije u Lionisu, pa ih pukovnik Mustang uvodi stručnjaku na terenu, Shou Tucker, alhemičar koji obvezuju život. U međuvremenu, serijski ubica čiji su ciljevi samo državni alkemičari u središnjem.

Nakon učenja o onome što se dogodilo s Shou Tuckerom i njegovom kćerkom Nini, elrić braća počinju ispitivati šta je alkemija zaista. U međuvremenu, pukovnik Mustang i ostali državni alkemičari nude serijski ubica.

Nakon susreta sa ožiljkom, ED-ov automail i al's oklop treba popraviti, tako da ih major Armstrong prati u rodnom gradu Risembool-a. Na putu, oni uoče dr Marcoh, naučnik koji je pomogao u stvaranju filozofherovog kamena i pokušati ga uvjeriti da im daju lokaciju podataka o istraživanjima kamena.

Kada ED i AL stižu u središnju biblioteku otkrivaju da je izgorjela na zemlju i umjesto toga uzima se da vidi Sheska, bivšeg zaposlenika koji mogu imati informacije koje traže. U međuvremenu, u istočnom gradu je neobjašnjivu eksploziju izaziva pukovnik Mustang da ponovo pokrene potragu za ožiljkom.

Ed i Al Sneak unutar pete laboratorije za traženje više odgovora o porijeklu filozofnog kamena. Međutim, nije mnogo prije nego što su napadnuti bivši ubici smrtnih reda koji sada čuvaju kompleks.

Ed je sada u bolnici koja se oporavlja od rana, a Al nije u stanju pustiti kakav je rekao broj 66 u petoj laboratoriji. U međuvremenu, Weunry pristaje da napravi putovanje u središnju kako bi popravio Ed's Automail ... Ponovo!

Kad zavjera oko zavere filozofskog kam