Nakon bijega iz centralnog zatvora, zamrzavajući alhemičar, Isaac Mcdougal, postavlja svoj plan u pokretu za ubijanje Führer kralja Bradleya. Međutim, pod zapovjedništvom pot pukovnici Roynga, vojne i državne alkemičare pokušavaju ga zaustaviti.

Na putu za Lioor, Ed i Al podsjećaju na događaje koji ih vode zarobljeni u svojim trenutnim tijelima kršenjem tabu ljudske transmutovanja. U međuvremenu, pukovnik Mustang osvrće se prvi put kad je upoznao braću eliri.

Ed i Al stižu u grad Lior, nadajući se da će naći legendarni filozofski kamen kako bi mogli vratiti svoja tijela natrag u normalu. Tamo su upoznali sveštenika po imenu Cornello, koji je u stanju da izvrši "čuda". Kako ed i al istražuju, otkrivaju istinu o Cornellou.

ED i AL postaju zainteresirani za biološku transmutaciju nakon svjedočenja himerije u Lionisu, pa ih pukovnik Mustang uvodi stručnjaku na terenu, Shou Tucker, alhemičar koji obvezuju život. U međuvremenu, serijski ubica čiji su ciljevi samo državni alkemičari u središnjem.

Nakon učenja o onome što se dogodilo s Shou Tuckerom i njegovom kćerkom Nini, elrić braća počinju ispitivati šta je alkemija zaista. U međuvremenu, pukovnik Mustang i ostali državni alkemičari nude serijski ubica.