Ljudi su napustili zemlju i napravili raj u svemiru, Avalon, kao novom domu čovječanstva i stvorili galaktički savez čovječanstva kako bi proširio svoje putovanje kroz njega. Prijetnju koja se poznata kao hideauze pojavila se prije saveza i rata između njih. Drugi poručnik Ledo i njegov A.I. Komora za robot pridružuje se posljednjeg napada na Hideauzeu. Napad se u konačnici završava neuspjehom i izdaje se nalog za povlačenje, ali Ledo se ne može vratiti i izbacuje se u svemir. 6 mjeseci kasnije, salvage Brod Gargantia dohvaća komoru, ali nisu u stanju izdvojiti. Nakon što svi odlazi, Ledo odlučuje pogledati oko sebe i okupiti Intel tamo gdje je on, ali ubrzo se progoni i otmiče jednu posadu, Amy. Progonit je napolju da otkrije on je na useljivoj planeti, koji ga udara dovoljno da pusti Amy. Posada ga klizi na pilonu i on zove komoru, što je cijela posada iznenađena kad vidim kako se kreće i plutaju.

Odlučiti da pokušate i otvoriti dijalog s tim ljudima, Ledo ostaje prikovan za Pylon. Oni traže da razgovaraju sa zaduženim savezom, ali posada nema pojma o čemu govori i vjeruju da je to vijeće, koje prevode, ima drugu osobu unutra. Kao Ridget, zapovjednik, a posada pokušavaju odlučiti što da radi, Amy daje crvenu hranu i počinje razgovarati. Objašnjava da je ovo zemlja, a kad je zamrznuto, neki ljudi pobjegli su u zvijezde dok su drugi ostali. Na kraju se led rastopio i postao ogroman okean, u kojem mnogi ljudi formiraju flote za spašavanje stare tehnologije odozdo. Tražite druge predmete Napredna tehnologija, Ridget šalje mehove do točke u kojoj su pronađeni komorski i LEDO, a njen brod napadu gusare. Amy pita Ledo da im pomogne, a on se slaže sa namjerom da ostvari povjerenje. Ledo ploče i efikasno eliminira sve neprijatelje bez štete bez posla i posade, kao Amy i ostali gledaju u strahu na njenoj destruktivnoj moći.

Nakon što je Komorska izbrisala sve gusare koji su prijetili belovima i njenim ljudima, LEDO se doživljava kao prijetnju i drže se pod stražom posade Gargante. I možda su se s pravom tako, kao gusar Armada flota carica Lukkage utrkuje prema floti Gargandia s krvavom osvetom na umu ...

Da bi se kompenzirala šteta na hangaru koju su uzrokovali, Komora se stavlja na rad oko teških tereta, ali to odlazi na ledo na stranu bez ičega. Amy ga vodi oko flote i predstavlja LEDO u znanki dr. Oldham, kao i njen bolesni, ali mudri mlađi brat, Bebel.

Amy pokušava pomoći Ledo pronaći posao i uvesti ga u brojne različite industrije na brodu Gargantia, ali jednostavno nije u stanju da ga sleti. Tada vjetar umre i valovi prestaju, čineći ga "smireničkim danom", tokom kojeg vremena se flota se isključuje tako da se može učiniti puno popravnih radova. Ali za osoblje koje se ne može popraviti, vrijeme je da se prehrane. Pinion poziva Ledo, Amy i njene prijatelje na roštilj. Čini se da sve ide glatko ...

Ledo odlučuje da radi kao ribar, ali on smatra da ne može pilotirati redovnu Yunboro i poslati komoru da pomogne drugim ribarima. PINION zatim poziva Levo za ručak i nudi mu poziciju na njegovoj posadi, ali se pojavljuje, ali se belovi pojavljuju i nudi mu posao u svom salvažnom timu. Povodom, Amy i njeni prijatelji plešu u gomilu i Ledo grešake kuhane hobotnice za hideau i uskoro će ga upucati dok ga drugi ne uvjeri da to nije neprijatelj, već i hrana, već i hrana. Komora, koja se nađe zbog nereda među ribarima pita za Ledovu pomoć i on koristi svoju Mechu da pravilno pomogne da radnici imaju lijep ulov. Kasnije u noći, Amy provodi neko vrijeme sama sa LEDO-om, a rasvjeta ga stavlja u stanje upozorenja i da ga se obrane, dok ga ne smiri i pleše na njegov zahtjev.

Kad LEDO ima susret sa kitovima podmornica, napada i ubija ga zbog svog sličnog izgleda na hideauzeu. Malo je znao da se vilesquid smatra svetim, tako da je ubojstvo jedan tabu, a uskoro čitav brod je u nemiru nad njim. Ledo, međutim, vjeruje da su Whaletquid Hideauzea i odlučan je izvesti njegovu misiju klanjaći više njih prije nego što odluče da ciljaju ljude na Zemlju. Baš kao što Amy pokušava zaustaviti Ledo, ogroman mahuna Wholesquid prilazi floti ...

Na njegovom smrtnoj postelji, komandant flote Fairlock povjerava Ridget sa Gargantijom. U međuvremenu, Komora napokon dobiva popravljanje na lokaciji galaktičkog saveza, ali oni su toliko daleko da Ledo nikada neće moći doći kući. Kako se pripreme u toku sa sahrane Fairlocka, prirubnica ShipMaster najavljuje da napušta Gargantiju. Ridget se bori da ostane ostale brodograditelje od sljedećeg odijela. PINION ima planove za pljačenje okeanskog dna, tako da se pridružuje istomišljenom prirubniku. Amy je tužna kad su dvije osobe o kojima brine ostavljaju, Melty i Ledo ...

Ledo i komora idu duboko morsko ronjenje kako bi istrebio Zemljinu hideauzu.

Sa svim sakrivanjem u četvrti ubijenom, prelištu i njegovoj posadi koji se ne vide nigde, već da ga podijeli sa ostatkom čovječanstva, kao što su Prinion tvrdi da imaju pravo na sebe i šalje poruku drugim flocima. Kako poruka doseže Gargantiju, flota se upravo reorganizirala i postoji zabrinutost da ostali brodovi mogu otići da se pridruže iniju. Sa tehnologijom koji ih je spaljuje, Flota PINIONA poražava neprijateljsku gusarsku posadu koja zauzvrat traži mjesto među njima, a on se slaže. LEDO, još uvijek u šoku nakon učenja istine o hideauzeu čujem od komore da su svjetlost koja čovječanstvo koristi kao izvor napajanja, također, i daljnje suočavaju, koji dalje dokazuje njihovo otkriće.

Kugel kontakti Ledo i upućuje ga da se vrati na boku. Nakon ponovnog ujedinjenja s njim, LEDO saznaje da je Kugel pogođen nekom bolešću koja mu ne dozvoljava da napusti svoj kabinu. Kad mu Ledo govori šta je saznao za Hideauze, Kugel otkriva da je on uvijek znao za to, baš kao što je to uprkos tome da se bori protiv njih, a u toj je svrsi organizirala moćnu flotu sa militarističkim društvom s tom svrhom, čija je namjera da se okupljaju svi ljudi na zemlji pod njima. Pinion je pozvan u Kugelov flotu, a puno na njegovo iznenađenje, a ga ga vodi Lukkage, koji sada radi pod njim, a prilazi mu napadač Kugela, koji mu nudi post kao inženjer za razvoj oružja za flotu. Ostatak njegovih pratioca također je prisiljen da se pridruži Kugelovoj floti.

Kugelova flota priprema se za napad na gagantiju. LEDO pokušava da odvrati Kugel bez uspjeha, dok pristupa zujanje Lukkage koji planira pobunu u floti. Zbunjen o onome što bi trebao učiniti, LEDO svjedoči narod flote koji su bacali bolesniku i slabe na vodu i strahuju da će se isto učiniti na Bebel, on odlučuje da se suoči sa samu. Dogovor sa Ledovom odlukom, PINION-u opremiti komoru s nekim dodatnim oružjem, dok lukkage i prirubnica pripremaju pripreme za nadogradnju. Melty je upućen LEDO da isporuči poruku Gargantiji, ali ona se gotovo onesvijestila putovanjima do sada sama i spasila se u nacrt vremena Amy. Obaviještena o Kugelovom napadu, posada Gargancije smatra da je predložila flotu kao Ledo, ali Amy inzistira na tome da bi trebali nešto učiniti kako bi pomogli Ledo da se koristi za upotrebu sa posebnim ključem Fairlock-om.

Napadač tvrdi da je nakon njegove smrti pratio Kugelove uputstva i na kraju došlo do zaključka da će osigurati stabilnost flote, bilo je potrebno da ljudi budu da ga smatraju svojim bogom. I LEDO i komore odbijaju napadaču ponudu da se pridruže svojoj strani i odluče ga uništiti. Nije moguće pobijediti napadača u svom trenutnom stanju, Ledo se odluči spojiti svoj nervni sustav sa komorskim sučeljem za povećanje svojih kapabilita po cijeni svog života, ali pojavljuje se ubrzo nakon što mu se ne može reći da se ne treba boriti sami. U međuvremenu, Ridget koristi ključ za aktiviranje masovnog upravljačkog programa pohranjenog unutar glavnog broda i da ga koristi za bombardovanje neprijateljske flote, a preziva u posljednjeg trenutka u posljednjeg trenutka u posljednjeg trenutka. Napadač tada odluči napasti gagantiju, ali Ledo i Komora ga slijede.