Pilot Nagate Tanikaze sada je poznat po svojim postupcima u nedavnoj bitci, ali Nagate je više zabrinut zbog nestanka Ena Hoshijira.

Nagate i njegov tim bore se protiv tvrde bitke protiv Gaune 549, pomaže po izgledu nove vrste Gauna koji sebe zove Tsumugi Shiraui.

Odlaganje opozicije, Kobayashi postavlja tečaj Sidonije na devetu planetu u obližnjem LEM sustavu. Sve izlazni rat sada se čini neizbježnim.

Nova prijetnja pojavljuje se u obliku Gauna 550, koji je izbacio bezbroj manjih gaunskih jezgara na presretnu putanju sa Sidonijom.

Uprkos tome što je u svojoj pobjedi, Tsumugi je teško oštećen da brani Sidonia. Izana, takođe kritično povrijeđena, čini veliku odluku.

Deložiran iz svoje spavaonice i nigdje da ide, Nagate traži da ostane sa Izanom za noć; Tsumugi ima emocionalnu krizu pokrenuta bliskim pozivom.

Novi test oružja Sidonia uspijeva, ali posada shvata da ga ne mogu isključiti; Yuhata šalje gardne pilote da istražuju uznemirenost.

Piloti i Tsumugi popravljaju štetu na Sidoniji nakon incidenta gravitacijskog snopa; Tsumugi je uznemiren zbog toga što uzrokuje manju nesreću.

Izana smatra da je "datum" sa nagate bila postavljanje i oluja kući. Ubrzo nakon toga pozvana je da bude dio tima koji će izviđati planetu devet.

Reconnaissance tim napada Gauna; Izana i vođa odreda uspjeli su pobjeći u atmosferu planete devet.

Izana i voditelj sastava Rekonstruirani su ogromni humanoid Gauna. U međuvremenu, Tsumugi se suočava protiv grimiznog sokola moljaca.

Nagate spasi Tsumugi, ali nadvladava se grimizno jastreb moljac. Situacija izgleda mračne kao rojevi Gauna koji se nose na preživjelima.