Dok je van tokom školskog natsume pogođen loptom dok čita. Odlazi da preuzme loptu i završava razbijanje Youkaijevog pečata (slično kao da je imao sa Nyanko-Sensei). Kasnije te noći Natsume i Nyanko-Sensei otkrivaju izgled - sličan Nyanko, samo da bi ga ukrao knjigu prijatelja!

Dok se zavarava u snegu, Natsume i Nyanko-Sensei trče u gen, šumski čuvar koji živi unutar statue. Gen pokušava preuzeti Natsumeovo telo, ali umjesto toga preuzima snijeg zeca da je natsume napravio. Gen molite Natsume kako bi mu pomogao da pronađe zli duh koji je uništio sui, svog partnera za čuvanje i Natsume. Ali čini se da Gen ne govori svemu što bi trebao ...

Natori poziva na natsume na vrućem proljetnom izletu. Ali šumovi iz ormara i kimono-obloge lik iz stropa čine natsume nelagodno. Ne želeći probleme s natorijima zbog svoje ljubazne geste da uživa u vrućem izvoru s njim, natsume istražuje vrući izvor. Tijekom noći Natsume se susreće sa Youkaijem, gdje ona komentira da je previše mekan i napadi!

Natsume se brine o napuštenom jajetu iz gnijezda, a ne s obzirom da bi to moglo biti youkai. Nakon što se izleže, ispada da je rijedak duh bebe zvan Tatsumi, koji misli da je natsume roditelj. Natsume ne može pomoći, ali se pridružiti malom duhu, čak i dok Tatsumi raste umorno i bolesne. Ali kako se natsume brine o Tatsumima, tajanstveni duh dolazi i želi oduzeti Tatsumi za svog gospodara ... koji ga želi pojesti!

Natsume se nailazi na duh koji je porobljavala baka od bake Reiko prije 50 godina pisajući svoje ime na rastrganu stranicu iz knjige prijatelja i vezujući ga u drvo u šumi. Može li natsume pomoći locirati rastrganu stranicu? Šta je Reikona namjera vezala za stablo?

U školi Taki Tooru postoji nova djevojka. I sa svojim izgledom u školi dolazi ovi čudni krugovi u zemlji. Mnogo poput NLO krugova. Kako Natsume pokušava shvatiti krugove i taki, posjeti ga drugi Youkai. Samo ovaj put Youkai ne traži njegovo ime, već za užinu.

Natsume se vuče u pećinu zlog duha koji je nakon Toorua. On privremeno gubi sposobnost da vidi Youkaia nakon otrovanog duha. Hoće li moći zaustaviti youkai od jela Toorua bez vida?

Natsume, Kitamoto i Nishimura kreću se u staru gostionicu kako bi proveli određeno kvalitetno vrijeme radeći domaći zadatak. Okolina gostionice je jezero; za to se veruje da je dom sirene.

Od dana kada je dobivena slika niza trešanja u pustom zimi, svaki put se natsume budi, njegove sobe su pokrivene laticama. Pokušaj riješiti korijen ove aktivnosti, Natsume i Nyako Sensei pokušajte i vratiti sliku Miya, sjenovitoj figuri koji prati sliku. Ali zašto ga ne mogu vratiti Miya ...?

Tajanstveni otisci i oznake ostavljaju se na kapiji kuće Fujiwara. Čudne stvari počinju odlazeći unutar kuće i Shigeru provjerava s natmenom da uzrok ove aktivnosti uključuje muža i ženu koji su tamo živjeli. I tako da Shigeru priča priču o ta dva, ali na neobično dječji način ...

Nakon progone ozlijeđenog Yokaija okolo, Natsume susreću natori, koji ga potom poziva na sastanak čarobnjaka. Tamo, Natsume susreće druge sa sličnim moćima i sličnim problemima.

U kućnoj se primirene za proganjanje duhova, Natsume čuje glas djeteta. Nakon glasa na njegov izvor, Natsume nalazi dijete po imenu Kai, koje je zarobljeno u kutiji poput kože. Kai kaže na natsume da ga neko progoni svaki dan.

Zašto ne odlučite već? Što vam je važnije? Kad Natsume sazna šta je kai stvarno, to ga pita Natori.