Natsume otkriva da je napeo "Knjigu prijatelja" da mu je njegova baka, Reiko, dala da posjeduje imena duhova koja je pobijedila i vezala za njenu volju. Pomogla mačka koju natsume se bavi kao Nyanko-Sensei (Lit. Master Malo Meow), Natsume ima za cilj da sva imena vrati njihovim zakonitim vlasnicima.

Natsume posjećuje lokalni Bog sela koji trenutno bledi zbog nedostatka bhakta.

Natsume se moli kako bi se pomoglo duhovima koji se trenutno provodi. Nalazi srodni duh u Tanumi, dječaka koji također osjeti duhove, iako nije tako moćan kao natsume.

Natsumeovu tajnu saznaju Sasada, predsjednik razreda, tokom "suđenja hrabrosti". Ona traži svoju pomoć da pronađe duh koji živi u napuštenoj školi. Natsume negira činjenicu da on može vidjeti bilo šta, ali ona neće preuzeti odgovor za odgovor. U međuvremenu, duh, šiba, snima ostatak svojih školskih drugova, u bijesu škole koja se rastrga ...

Natsume nalazi staru kartu u Reikovim stvarima i odlučuje otići na napuštenu željezničku stanicu kako bi vidjela zašto je zadržala. There, he meets a slow witted spirit named Santo, who was waiting for Reiko the entire time to go Kiriganuma, to see and make up with his friend, Mikuri, but the trip isn't as easy as it first seems...

Natsume ide na branu i pronalazi grad koji je potopljen u vodu. Upravo tada, Natsume ga može posjedovati Yokai i padne nesvjesno.

Natsume odlazi na vruće proljeće za školsko putovanje, s naredom od Shigeru da pokupi čajnik iz blizine keramike. Dok se tamo susreće i pomaže malom lisičkom duhu, koji brzo raste priložen za njega.

Natsume susreće duh koji je nekada bio prijatelj sa muškarcem koji bi mogao vidjeti i duhove, ali jednog dana je izgubio ovu sposobnost.

Natsume se susreo sa popularnim glumcem po imenu Natori Shuuichi koji također mogu vidjeti raspoloženje, a ima bočni posao kao egzorcista.

Natsume posjeduje bolesni igrač koto, čiji prijatelj želi da ona može igrati posljednji put.

Kad Natsume konačno ima dovoljno Nyankovog ponašanja Nyanko odlazi, lutajući sam i izazivajući probleme.

Natsume proklet zli duh koji je zapečaćen na drvo, ne želeći da se smetaju njegovu usvojenu porodicu, odlučio je pobjeći od kuće.

Tanuma saznaje da je Nyanko-Sensei duh. Tanuma i Natsume uživaju u jesenjem festivalu, a prethodna poznanstva ponovo se vide.