Nakon što je njegova porodica bila natapala banda maskiranih napadača, Joe Logan pristupaju agentima FBI-a Mike i Emma kako bi pomogli u istraživanju ubistva svoje žene i sina.

Higan saznaje da je niz nedavnih žrtava ubistava bilo bivši bivši nindžas koji su im puhali svoje poklopce. Higan ide za šefa Nindjom i zaklinjem se da se osvetim za svoju mrtvu ženu i sinu drobljenjem organizacije.

Yamaji se bavi pitanjima jednog od njegovih poručnika u pogledu Higan-ovog opstanka. U međuvremenu, Mike se pridružuje snagama Higanom i Emmom da pokrenu vlastitu nezavisnu istragu u Auzi.

Misteriozni dobročinitelj upozorava Higan da je nemoguće da se ne infiltrira grad Auza bez ikakve pomoći. U međuvremenu, Mike i Emma odlaze od nesreće sa laganim ozljedama i ponovno pokreću njihovu istragu u Auci i Nindže.

Mike koristi informacije od Emme za pronalaženje Jasona, bivšeg zaposlenika Auze. Drugdje, nakon što je njegov prvi pokušaj infiltracije grada Auza zaustavio Zai, Higan saznaje alternativnu rutu od misterioznog dobročinitelja.

Aska spasilaca Higan iz određenog propasti i njenog istinskog identiteta otkriva se. U međuvremenu, Mike saznaje da ga sada traži njegova agencija, FBI.

Kako se Higan i Lil bave u borbi, Higan postiže potpunu sinkronizaciju sa svojim Gusoku opremom, poznatim kao "Kamui". Nakon toga, Yamaji konačno naručuje Zai da eliminira Higan.

CEO AUZA snova uzimanje ukupne kontrole energetske infrastrukture u zemlji koristeći Yamajijeve nindži organizacije. Emma to čini svojim osobnim ciljem da ih zaustavi sa Higanovom pomoći. U međuvremenu, Jason i Mike su još uvijek u bijegu.

Emma i Jason kombiniraju svoje napore da pokrenu hakiranje napada na Auzu koji rezultira njima dobivajući vrhunske podatke. U međuvremenu, Mike i Higan odbijaju eskadrilu plaćenika koje je Auza poslala da ih zaustave.

Higan oplakuje Emmu smrt kada ga pismo izaziva u dvoboj stiže iz Zai. Mike i Jason žele propustiti podatke koje su hakirali iz Auze u javnost, ali otkrivaju da ne mogu zbog emme-ove vanjske memorije šifrirati šifriran.

Higan osvaja svoj dvoboj protiv Zai, ali prestaje da ga ubija. Joseph šalje svoje plaćenice da napadne sakrovnicu nindže nakon što je rezao svoje veze sa Yamajijem. U međuvremenu, Mike izdvajaju ključ za dešifriranje podataka koje je Emma ostavio iza sebe.

Radno se pridržava njenih originalnih naloga i štiti Joseph odabirom borba za Yamaji. Higan ima iznenađenje posetilaca koji ga moli da zaustavi kontradikciju nindžinskog klana. U međuvremenu, Mike je zarobljen u FBI uredima.

Higan i Yamaji se bave u posljednjoj bitci. U međuvremenu, Mike pokušava pratiti Joseph dok pokušava pobjeći iz zemlje.