Lain Iwakura, stidljiva, 13-godišnja školska gimnazija, prima e-poštu iz školskog marata nakon samoubistva. Da li je to pran? Lain ne osjeća užas, već radoznalost.

Razrednici Alice, Julie i Reika Pitaju se da li je to bilo laino koje su vidjeli u noćnom klubu Cyberia. Da bi saznali, pozivaju se na lain da pođu sa njima u klub.

Alice, Julie i Reika su manji slavne ličnosti u svojoj klasi nakon što su svjedoci pucnjavom u Cyberia. Lain je dat crno-tržišni čip za njeno računalo, ali čini se da se i ona prati.

Neki igrači ožičene igre koji se zove fantoma umiru sumnjive smrti. Lain istražuje, ali njeno rastuće interesovanje za ožičene brige oca, kao i razrednike Mike i Alice.

Lain prima kriptne poruke o postojanju, Bogu i dolasku proročanstvu. U međuvremenu, Mika's World mijenja se na načine na putu surdeal i hiperreal.