U Japanskim ratnim stanjima, lord Daigo Kagemitsu čini pakt sa 12 demona, nudeći im svog nerođenog sina u zamjenu za prosperitet svojih zemljišta. Godinama kasnije, mladi lopov Dororo napada je groul, ali spasio misteriozni dječak, čiji se dijelovi tijela pokazuju da su gotovo u potpunosti protetički.

Dororo i Hyakkimaru događaju se na selu i dovode se prije njenog šefa, Lady Bandai. Međutim, Hipakkimaru neobjašnjivo izvlači svoj mač u njenom prisustvu, što je rezultiralo da ga i Dororo budu zaključani u skladištu iz mještana. Ispada da nisu jedini tamo zatvoreni ...

Jukai je ljekar koji putuje zemljištem koji odgovara protetskim rukama i nogama onima koji su izgubili udove u ratu. Jednog dana, na obali rijeke nalazi se beba koja nedostaje većina svojih dijelova tijela. On odlučuje da odgaja dijete, ko imenima "Hyakkimaru". Jukai pruža djetetu sa protezama, ali vrijeme dolazi kada se Hyakkimaru izlazi na putovanje da povrati vlastite dijelove tijela.

Dororo Onikimaru se suoče sa tanosuke, muško klanje. Mač koji je imao je bio prokleti dekorija u kojem Đavo živi. Iako jedva odbacivanje Tanosuke, vojni mač prelazio je na ruke ruku, a konjani su manipulirani oružjem.

Bori se da se prilagodi nepoznatom svijetu "zvuka", Hyakkimaru je povrijeđen u svađi s jelom. Uzeo ga je i njegovana djevojka po imenu Mio, koja brine o djeci siroče od rata. Međutim, nakon što je postao svjestan demona u blizini, Hyakkimaru se kreće da se bori prije nego što se u potpunosti oporavio.

Hyakkimaru je povratio glas iz vraga Boga, ali jedna je noga ukradena od njega. Nakon povratka u napušteni hram i da su se rane pobrinule, ponovo se ulazi u bitku sa demonom. U međuvremenu, u napuštenom hramu u kojem su mio i djeca čekaju ...

Spider-poput Ghoula Jorogumo ranjeni od strane Hyakkimaru. Da se izliječi, on se transformiše u ženu i iskorištava gostoprimstvo mladića po imenu Yajiro. Dopuštavši da Jorogumo prolazi kroz prste, Dororo i Hyakkimaru zaustavljaju se u selu u kojem čuju glasine otmičare.

Na određenom selu mlade djevojke se nude kao obrevne žrtve da bi se mole džinovsko stoent demona koji se pojavljuje obložen crnim oblacima. Hyakkimaru i Dororo tim gore sa Saru, dječaka čija je starija sestra ponuđena kao žrtva, a zajedno suočavaju se sa demonom.

Dororo se spušta s visokom groznicom. Dok je Woozy iz njegovih učinaka, mladić upada pogled na neke crvene paukove ljiljane, što uzbuđuje uspomene u proteklih dana provedenih sa roditeljima Hibukuro i Ojiya.

Selo unutar Daigove domene terorizira je gromobran koji živi u obližnjem jezeru. Tahomaru, u pratnji njegovih pomoćnika Hyogo i Mutsu, volonteri da istrebiju jehol.

Nakon ulaska u domenu Lord Daigoa, Dororo i Hyakkimaru čuju priče o banmonu, ogroman zid koji je posljednji ostatak utvrde koji je nekada stajao na granici. Hyakkimaru kvadrati su od nas demona lisice koji proganja zid.

Kagemitsu, koji je ponudio vlastiti sin demonima. Hyakkimaru, koji pokušava vratiti dijelove tijela koji su odvedeni od njega. Kao da se nacrtaju zajedno sa sudbinom, suočavaju se međusobno.

Nakon što je napustio Daigov domen, Dororo pronalazi statuu Fudoa, jednog od bogova mudrosti. Ali statua je zapravo demon koji je žetvu lica ljudi u pokušaju pronalaska za sebe.

Dororo i Hyakkimaru nailaze na napušteni, izgorjeli hram, gdje se sretnu muškarca po imenu Sabame koji vlada okolinom. Sabame poziva njih dvoje u njegovo prebivalište i priča im priču iza izgorenog hrama i groma koji ga progone. Međutim, Dororo i Hyakkimaru sumnjaju da možda ne govori istinu.

Sabame hranio je ljude demonima kako bi zaštitili selo preko koje on vlada. Kako se Hyakkimaru još jednom suoči sa demonskim moljama, Dororo se zarobi u skladištu.

Dororo je zarobio Itachi i odvodi se u rta gdje je Hibukuro navodno sakrio novac. Kao itachi i njegovi muškarci traže brodove kako bi prešli na ogrtač, pristupa ih jedan naoružan dječak po imenu Shiranoi.

Jukai se ponovo ujedinjuje s krvavim Hyakkimaru na mjestu nedavne bitke i saznaje istinu o tome kako su Hyakkimaru i demoni povezani. Hyakkimaru pita Jukai za novu protetsku nogu, ali ...

Demon morske pse pušta urlik i napade Dororo, koji je vezan i ne može se preseliti. U međuvremenu, trupa vojnika koji je komandovao Tahomaru također se približava ogrtanju.

Da bi se popravio Slomljeni mač Hyakkimaru, on i Dororo putuju u selo u kojem je majstorski mačevač po imenu Munetsuna živi. Po dolasku u kuću Munetsuna, upoznaju ih njegova kćerka Okowa.

Dok putujete uz planinski put u potrazi za demonom, Dororo i Hyakkimaru naiđe na mladog čovjeku po imenu Dice-Spot Saburota. Čovjek kaže da i on lovi demona i krenuli su da bi ga zajedno istrebili.

Daigo Kagemitsu i dalje se priprema za rat sa susjednim zemljama Asakure. Nakon prijema riječi da se Hyakkimaru približava svom domenu, Kagemitsu šalje tahomaru da ga odloži.

Unutar Daigovog dvorca, Lady Nui pojavljuje se prije ćelije u kojoj je Dororo zatvoren. U međuvremenu, Hyakkimaru se takođe približava dvorcu dok pokušava vratiti i svoje tijelo i dororo. Iza Hyakkimaru stoji Midoro, koji se pretvorio u toul.

Hyakkimaru dolazi licem u lice sa Tahomaru, Mutsu i Hyogom, koji su posjedovali moć demona. Dororo, Lady Nui i Biwamaru Požuri na scenu, gdje su svjedoci bijesne bitke koja će odrediti budućnost zemlje Daigo.

Dvorac Daigo je zahvatio plamen. Unutar, dva brata po krvi su na milost sudbine. Dororo, Jukai i Lady Nui također su krenuli za dvorac, svaki sa vlastitim mislima vagajući njihovim srcima. Za život koji je započeo ušutkani plaču, gdje će put probneti?