Narumi Katou, u medvjeđe kostimu promovirajući cirkus slame, susreće se sa Masaru Saiga, koji slučajno pokreće Narumijski napad Zonapha. Masaru-ov smijeh štedi Narumi, ali on je oteo muškarci u crnim odijelima. Narumi ga spašava, bježeći vlakom. Masaru dijeli smrt svog oca i nasljedstvo vezano za marionete Karakuri. U vozu su napadnuli lutke, otkrivene kada se neko uništi. Masaru poziva Shirogane, harlekin-oklopna žena, koja lutkarke harlekin koristi iz kofera kako bi pobijedio napadača. Shirogane uzima Narumi i nesvjestan Masaru na kliniku, dok progonitelj implementira lutka pulcinelu.

Ashihana šalje pulcinelu da napadne, ali Shirogane Harlequin lako ga pobedi. Gang Ashihana bilježi Masaru, ali Narumi ga spašava, patnju na napad Zonapha. Ne može se smijati shirogane ili masaru, Narumi dobiva Shirogane da ga pobije u prodavnici, izliječivši svoj napad. Shirogane i Masaru se useljavaju u Narumijev stan, nesvjesni su ih gledaju. Lutka Grimaldi ugrađuje Masaru kroz prozor. Ashihana, iz tima za klanje otkriva da je Kinap tim uzeo Masaru u saiga vilu u Karuizawa, ispunjena opasnim lutkama Karakuri i nudi ih da ih tamo vodi.

Masaruov ujak, Zenji Saiga, tvrdi da ga zaštiti, ali podiže sumnje. Narumi i Shirogane oluja Saiga vila, sukobljava se sa kidnapskom timom dok slijedi tim za klanje. Shiroganeov harlekin uništava vrata zamke i lutku teogualtier. Masaru otkriva očeve bilješke otkrivajući da je mamac da uništi Klanu Kuroga. Narumi i Shirogane spadaju u zamku, pokrećući Narumijski zonapha napad. Shirogane dijeli svoju prošlost kao master marioneta i zašto se ne može smijati. Masaru bježi iz zenji skakanjem iz prozora, slijetanje sigurno blizu Ashihana, koga pokušava zaposliti.

Ashihana opada Masaru ponuda dok dnevnik ne otkriva eksploataciju tima klanja Saiga. Korištenje Grimaldi, Ashihana ponovno ulazi u vilu. Yamanaka zamrače Narumi i Shirogane, a Masaru se slaže da će biti Zenjin sin, ali napada ga kad Zenji planira da ih ubije. Shirogane dijeli svoje tragično djetinjstvo s Narumijem. Masaru i Ashihana koriste Grimaldi da ih oslobode, ali Yamanaka ponovo napadi. Masaru kontrolira Harlequin, premještajući bitku dok eksploziv ne uništavaju vilu. Masaru, Narumi i Shirogane preživljavaju, ali ostaje samo Narumijeva lijeva ruka.

Dva mjeseca kasnije Masaru se oporavlja i živi sa Shiroganeom, koji upisuje u obližnju srednju školu kako bi ga zaštitila od nasilnika. Masaru slegne ramenima sa zmijama, pokazujući svoje ožiljke. Shinobu Nakamachi se suočava s iseljenjem prilikom obnavljanja cirkusa. U školi Masaru dobiva prihvaćanje, a akrobatski talenti Shirogane čine je popularnim. Masaru uzima Shirogane da se upozna nakamachiju, uvjeravajući je da se pridruži svom cirkusu sa Nori, HIRO-om i životinjskim rukovodiocem Liselotte. U međuvremenu, Narumi leži nesvjesno u intenzivnoj njezi, nedostaje mu lijeva ruka.

Narumi se probudi u Ilinois bolnici sa amnezijom i protetskom rukom, sačuvali momka Christophe Resh. Bolnica, vodi dr. Banhart, nalazi se 2.000 djece sa Zonapha sindromom, gdje se osoblje nasmiješi da spreči napade. Narumi saznaje da se terminal zonapha pacijenti za zadržavaju između života i smrti. Ressh otkriva da će ponoćni cirkus koristi automata za širenje Zonapha i pita Narumi da postane shirogane. Posljednja Aqua Vitae zacijelila je Narumi. Kad Paulmann i Anselmus napadaju školu, Resh koristi svoju Karakuriju Olimpiju, a Narumi pomaže pobijediti ih.

Paulmann i Anselmus povrede Narumi, ali njegov zacjeljivanje Aqua Vitae-a koji poboljšavaju mu da ih uništi. Narumi se slaže da postane shirogane za zaštitu djece. U Cirkusu Nakamachi, Shirogane nastupa kao klovn i izaziva se Vilma. Te noći Vilma Corners Masaru da ga ubije, ali zaustavlja ga Shirogane, koji se oporavlja od vilmenih noževa i pobedi je sa Harlekinom. Impresioniran je lojalnošću Shiroganea i Masaruovo rješavanje, Vilma se pridružuje Nakamachi Cirkusu.

Shirogane ulazi u kozmetički konkurs za publicitet Nakamachi Circus. Masaru uvjerava Lise da nastupi, dok Shirogane podsjeća na narumi. U Kini, Narumi, momku i Lucille suočavaju se sa deset otmičnih automata u njihovom ravnini. Narumi ih pobijedi bez pokretanja eksplozija. Napad insetekta gospodina Spazze i momak izlazi u borbu protiv njih dok Lucille sleti avion u zaljevu. Otvor Nakamachi Circus poremećen je sudarom. Shirogane zaustavlja Automaton Magdalen iz napada Masaru, a Narumi se pojavljuje kroz plamen.

Nakon sudara, Shirogane spašava momak i dijeli njenu prošlost s njim i Narumi. Masaru, proganjani snovima, pretražuje Narumi. U kineskim planinama, Narumi, Lucille i Ming-Xia pronađite oca Ming-Xia, Liang Jian-Feng, sa Zonapha na akvalnoj oprugu Aqua Vitae. Prepričava svoje pretke, yin i jin, koji su studirali alkemiju u Pragu. Narumi prepoznaje priču, prisjećajući se ljubavi braće za Francine, što je uzrokovalo njihov razbuk.

Narumi prepričava Yin-ove uspomene: Jin je oteo Francine nakon što je odabrala yin. Godinama kasnije, yin je pronašao Francine zatvorenu u Quiberonu, umirući od bolesti. Usavršio je Aqua Vitae da je spasi, ali ona je umrla u požaru. Jin je kasnije stvorio automatsku, damu francine, animirao Aqua Vitae i proširila Zonapha da bi prisilila seljane da je nasmiju. Lucille, preživjeli, stekao je Yin's uspomene i Harlekin, vijući da uništavaju Jinove automate. Pantalone traži aqua vitae, ali Liang Jian-Feng pokreće eksploziju, uništavajući proljeće.

U Maineu, Shirogane-OS se priprema za napad u ponoćni cirkus u Sahari. Narumi, Lucille i Ming-Xia Pridružite im se, upoznavanje Georgea Larohe i Ashihana u Francuskoj. Na cirkusu se suočavaju sa beskrajnim zapovjednikom i njegovom shiroganom-OS-om. Les Quatre Pionniers predlažu jedne na jednoj bitku. ZED uništava dva automata, ali je poražen od veselog kruga Olsen. Narumi razbija automat, dok Fatima i Ming-Xia se suočavaju sa oraziom i pedrolinom. Nakon pobjede, zamka ih šalje na drugi izazov.

Fatima i Ming-Xia primaju tretman, dok Narumi, Rockenfield, Malina i Tor suočavaju smrtonosne zamke u ponoćnom cirkusu. Podijelili su se u dvije grupe, s Narumijom grupom navigacijom tamnog stubišta. Ostali ulaze u komoru koja zahtijeva borbu da nastave. George i Ashihana stižu helikopterom. Ispod, Narumina grupa se suočava s više zamki, a bezlični zapovjednik žrtvuje se kako bi spasio Narumi, koji se ponovo ujedi sa Tor, Timbavati, Rockenfield-om i Malinom da se suprotstavljaju pionirima.

Tor, Timbavati, Rockenfield i Malina bit bi se bitci Quatre Pionniers. Oslabljeni narumi bori se da bi došli do francine lutke. Lucille stiže sa Fatimom, Ming-Xia, Ashihana i Georgeom, otkrio je njenu francinu marionetu, Angelinu, zaustavljajući cirkus. Lucille uvjerava DotTore da napusti Francine, ali on je u fatalno rani, uzrokujući da je kristalizira. Tor samouništava za uklanjanje automata, omogućujući naručivo liječenje. Timbavati bitkama Columbine, koristeći svoju shirogane krv da je neutralizira, ali oboje umiru.

Pantalone i Arlecchino uništavaju francine marionetu i Georgea. Shiroganski doktor umire uštedu narumi. Fatima Spinetina ne uspije protiv pantalone i Arlecchinoa, ali Narumi ih pobedi. Lady Francine otkriva da je kopija, a pravi francin je drugdje. Narumi napada Shirogane, poštujući je za Francine na osnovu zahtjeva za preživjelom gostovanja, ali poštedi je nakon što se prisjeti svoju prošlost sa Masaru.

Na ruševinama Saiga, Masaru prima slovo i ključeve od Sadayoshija, otkrivajući da se on otac preporodio. Kuroga puppeteers attack with Shogetsu, believing Masaru is Sadayoshi. Masaru koristi Goyellemes i kapetan Nemo da ih pobijedi, ali zarobljavaju i dovode pred Shōjijeve svjesne ostatke.

Shōji prisiljavaju Masaru da popiju krv, pokrenula uspomene na Shōjievu prošlost u Miura Dojo i susretu Angelina (Tohno-Dayu), koji je imao Arlekina. Shōji je pio aqua vitae da ostane s njom zauvijek, vidljiva vječna ljubav.

Shōji otkriva da je Sadayoshi usvojen, a ne njegov biološki sin. Momak dijeli svoju Zonapha infekciju i transformaciju u shirogane. Angelina je odbila da preda svoj meki kamen, pobedi momak. Shōji je prilagodio Francine Automaton da bi bio manje moćan i donio je kući u Angelinu, ko je kasnije rodila kćerku.

Shōji imenuje njegovu kćer éléonore. Njeno rođenje utiče na momak i Francine, koji se osjeća nepotpuno bez vitalnog zupčanika. Napad automata za meki kamen, sada u Éléonoreu. Francine bježi s njom, dobro okreću vodu u aqua vitae, konzumiraju sebe. Angelina umire borbe protiv automata, kristalizirajući se. Shōji i momak nastave bitku.

Momak inzistira na Masaru Sadayoshi. Masaru to negira, susrećući se u éléonore, ali pada nesvjesno nakon napada momak. Shōjijevi sećanja otkrivaju život éléonore u Quiberonu i Sadayoshi-ovoj izdaji, koristeći Masaru za besmrtnost. Shōji je uništio podatke o memoriji, preživljavajući pokušaj Sadayoshija da ga ubije.

Masaru se prisjeća da je Sadayoshi preuzimajući sjećanja u njega tokom sudara automobila, gdje su Shōji i momka intervenirali. U Karuizawa, Daiki, bezlični zapovjednik, tvrdi da je Masaruov otac, koji utjelovljuje Bai Jin i Sadayoshi. Napada, ali Eléonore uzima udarac na Masaru. Daiki je pobjegao s njom, izazivajući Masaru da slijedi. Shōji umire, ponovno ujediniti Angelinom u zagrobnom životu.

Masaru tuguje Shōji kako seljani podležu Zonaphi. Komandant bez lica, Deus, oslobađa Artemida, sastavljen od Apollyon Bugs. Masaru i momak nastavljaju, ali cupidia spušta momak. Narumi uništava Kupidiju i pridružuje se momku da dođe do istraživačkog instituta Zonapha, gdje je FOU-ov "Harry" mogao da se šari u Apoldonu. Attack Affaate 'i Arlecchino, Pantalone i Kolumbini otkrivaju da li se nalikuje Francine.

Ming-Xia pobijedi kockar Jones da spasi Tom. George smiruje djecu sa muzikom, ali suočena sa Bola Misteriosa. Ashihana Challenges Pantalone, koji ga spada, prisjećajući se Francine naloga.

Ashihana koristi Georgeovu shirogane krv za borbu protiv pantalone, ko ga spada. George pobijedi Bolu Misteriosa, ali umire. Narumi uništava automate, dosegnuvši dr. Banhartovu laboratoriju sa ming-xia, suočavanje sa Blomskom blomskom niskom i bušenom septembru. Guy i Olympia držite automati izvana.

Narumi i Ming-Xia poraz bloma Blom niski i bušili septembar. Ashihana Rezerviši Pantalone, koji pomaže momku. Klonovni ekspresni spasioci preživjeli, uključujući "Harry". Masaru i Lise Chase Bease Beak-a.

Sudar Masaru i Lise na Mont Saint-Michelu. Aboars Airship Aboard, Éléonore susreo sa automatama poput kapetana Graziana. Na ostrvu, dr. Laove zvijeri napada, ali Naya Steele pomaže Masaru nakon onesposobljavanja kolumbe. Masaru otkriva ljudska tijela shirogane-o.

Lise tames dr Laove zvijeri, ubijajući ga. Bez lica beats éléonore da posjeduju Masaru. Kolumbi prikazuje masaru Shirogane-O tijela. Naya napadi, ali Masaru je onemogućuje. Bez lica bez lica Masaru sa novim automatama.

Masaru se bori protiv bezsečnih automata sa Harlekinom. Lise i kolumbina bitka za zaustavljanje rakete bez lica. Beok pokušava prebaciti svoju svijest u Masaru, ali ne uspijeva zbog otpora Masaru.

Masaru odolijeva kontrolu bez lica, koristeći Éléonorevu krv. Kolumbini se bori protiv dijantainskog medvjeda. Masaru Frees Éléonore, ostavljajući bez lica u raketu. Narumi stiže, pronalazeći ostatke Kolumbine nakon njene žrtve.

Éléonore dokazuje svoju lojalnost dijeljenjem Aqua Vitae sa Zonapha patućima. Bez lica prijeti da će ubiti čovječanstvo sa Apoldonom. FOU planira poslati "Harry" da ga zaustavi. Narumi mišta éléonore.

Momak izaziva Narumi preko éléonore, ali umire. Masaru uči narumi živ i traži njega. Nakamachi cirkus glava na lansiranje jastučića sa "Harry", dok se momak žrtvuje da zaustavi autometa.

Vilma sadrži cirkus Nakamachi sa Éléonore-ovim krvnim noževima. Automata napadaju vlak, a Vilma umire bore protiv divljeg Jane. Masaru uništava Keniss.

Shinobu konzole Masaru, otkrivajući žrtve Éléonore. Nakamachi Trio priprema se za borbu protiv dame pauka i kapetana Graziana. Arlequino i Pantalone traže dozvolu éléonore da zaustavi Bringhella i Harlequin.

Nakamachi Trio odvlači damu pauka sa cirkuskim trikovima, ubijajući je vilma nožem. Arlequino i pantalonski borba za borbu i Harlequin, koji priznaje svoju ljubav prema Éléonoru, razdvajajući pantalone.

Éléonore se bori protiv Harlekina da zaštiti Narumi. Narumi pobijedi donose. Masaru pobijedi kapetana Graziana. Na pokretanju jastučići, Narumi i Masaru Fight Automata, s masaru odbranom Narumije straga.

Masaru se slijepi Narumi da zauzmu svoje mjesto u šatlu. Narumi i Éléonore pobede Harlequin i izjavljuju svoju ljubav. Ashihana umire zaustavljajući Pinball-k. Masaru se suoče sa licama, koji je klonirao tijelo Bai Jinova.

Bez lica odbija masaru molbu za Zonapha izliječenje. Diamantina uništava Francine Automata, ali je demontirana. Beok pomaže preusmjeravanju padne stanice, otkrivajući pjevanje éléonore-a Zonapha. Masaru bježi, a čovječanstvo se sprema. Šest godina kasnije Narumi i Éléonore's Circus donosi radost ratnim područjima, a Masaru spašava djecu u medvjeđem odijelu.