U izolaciji cijeli njegov život, Nagate se mora prilagoditi životu u stoljetnom svemirskom koloniju, dok trenira kao kadet pilot za borbu protiv drevne prijetnje.

Nagate proganja u svom prvom borbenom iskustvu protiv Gaune. Kasnije se susreo sa elitnim pilotima Sidonije.

Istraživanje Sidonije, Nagate čini neprijatelja Kunatoa dok štiti prijatelja. Napada Gauna, pozivajući pilote u akciju.

Nakon katastrofe na brodu Sidonia, Nagate i njegov tim naređeni su da preuzmu cijenjeno oružje. Kasnije prkosi naređenja da spasi prijatelja.

Nagate i Shizuka, prepušteno u svemiru, polako ponestane zaliha dok čekaju spašavanje izlazećeg Sidonije, koji je predaleko za slanje pomoći.