U izolaciji cijeli njegov život, Nagate se mora prilagoditi životu u stoljetnom svemirskom koloniju, dok trenira kao kadet pilot za borbu protiv drevne prijetnje.

Nagate proganja u svom prvom borbenom iskustvu protiv Gaune. Kasnije se susreo sa elitnim pilotima Sidonije.

Istraživanje Sidonije, Nagate čini neprijatelja Kunatoa dok štiti prijatelja. Napada Gauna, pozivajući pilote u akciju.

Nakon katastrofe na brodu Sidonia, Nagate i njegov tim naređeni su da preuzmu cijenjeno oružje. Kasnije prkosi naređenja da spasi prijatelja.

Nagate i Shizuka, prepušteno u svemiru, polako ponestane zaliha dok čekaju spašavanje izlazećeg Sidonije, koji je predaleko za slanje pomoći.

Nagate i njegov odred diplomirani kao piloti i brzo se šalju u borbu kada se neprijatelj vraća; Kunato istražuje povijest Nagate-a.

Neprijatelj je otkriven da bude još veći i mrtvi u odnosu na prethodno verovan, što rezultira tri odreda koja se bave smrtonosnim borbama.

Nagate se krivi za poraz i luke krivnje zbog žrtve; Otkrivene su rane godine Sidonije.

Gauna pronalazi nevolje za demoralizaciju i van napada na napad. Nagate se vraća u Sidoniju sa nagradom koja može pomoći u borbi.

Pacifisti se ugrožavaju ostavljajući relativnu sigurnost Sidonije, dok se neprijatelj prikazuje veći i žestokiji nego prije.

Velika štrajkačka sila nailazi na neprijateljsku jedinicu koja ih izvodi iznenađenjem; Nagate radi ono što može da zaštiti svoje prijatelje.

Nagate se bori protiv jednog na jedan sa srcem svog neprijatelja, dok štrajk ne voli dobro u svom napadu na Gaunu.