Skriveno listovo selo nalazi se unutar zemlje vatre, jedno od pet velikih šinobih nacija. Boruto Uzumaki živi ovdje i on je sin seoskog vođe, Naruto Uzumaki, sedmo hokage. Jednog dana Boruto štedi dječaka po imenu Denki Kaminarimon, koji je pokupiti. Denki je fizički slab, pa nije u stanju da se suprotstavi nasilnicima. Na putu za ceremoniju ulaza na Nindžini akademiju, Boruto ponovo vidi Denkija. Primjećuje da je njegova čakra iskrivljena i da se ponaša čudno.

Nakon što su suspendovani zbog uzbuđenja izazvao na ulaznoj ceremoniji, Boruto prvi put prolazi do Akademije. Njegovi razrednici ostruširaju ga za sin sedmog hokaža i za suspendovanje. Iwabe Yuino, jedan od Borutovih razreda, bira s njim borba. Iwabe je stariji student koji ima oštro smisao za bitku, ali je održan godinu dana zbog svog lošeg ponašanja. U početku, Boruto ga ignoriše bez obzira na ono što kaže. Ali kad vidi Iwabe Punch Denki zbog toga što mu kažem da se zaustavi, Boruto ga više ne može ignorirati.

Bortoov razrednik, metalni lee, vrlo je diligentan i vješt je u Taijutsu. Nažalost, on se lako nervira i ne može dati sve od sebe kada ga ljudi gledaju. Jednog dana jedan od njegovih razreda, Shikadai Nara, kaže nešto što odiše metal, koji napada Shikadai sljedećeg dana. Uhvaćen u sredini, Boruto primjećuje da je metalska čakra iskrivljena, baš kao i Denki.

Na prijedlogu Shino Aburame, njihov domaći učitelj, Boruto i njegovi razrednici podijelili su se u rodne timove za snimanje zastava postavljenih na krovu. Boruto i ostatak dječačkog tima brzo se kreću za krov, ali se bore sa zamkama i djevojčicama, na čelu sa Saradom Uchiha i Chocho Akimichi. Očajnički za snimanje zastave prije momčadi za djevojčice, Boruto pokušava pozvati Jutsu, ali on završava pozvati nešto neočekivano!

Novi student po imenu Mitsuki iz skrivenog zvuka pridružuje se Borutovoj klasi. Student po imenu Mitsuki prešao je u Boruto klasu iz skrivenog zvučnog sela. On preplavi Iwabe u sparingu i pokazuje svoj genij rješavanje teških problema. Međutim, Boruto i ostali nisu u mogućnosti reći šta misli. U međuvremenu, neko ko radi popravku rada na školi, iznenada ide Berserk. Boruto i ostali žuri. Pojavljuje se druga strana Mitsukija kako započinje mrmljajući čudne riječi.

Boruto, Shikadai i Mitsuki stižu na lokaciju, rečeno im je da odlaze s Shino. Primjećuju da njihov učitelj djeluje drugačije nego što obično radi - i Shino iznenada napada! Shino pripada klanu Aburame, klanu korisnika insekata. Otkriva roj parazitskih insekata. Boruto i ostali ne mogu odgovarati vještini nekoga ko je Jonin. Ali čak i u ovoj situaciji, Mitsuki ostaje miran i hladno zuri u Shino.

Cho-Cho se uplaši jer ona misli da ga neko gleda, pa odluči da ih uhvati u činu. Uspijeva ubijajući Magire Kakuremino, a ispostavilo se da ne gleda Cho-Cho, već Sumire, klase, koga potajno voli. Cho-Cho nagovara ga da proglasi svoju ljubav i u prvom magire oklijevanju. Ali on uzima skok i govori Sumire kako se osjeća!

Shawyy, iskrivljena čakra da samo Boruto može vidjeti preuzima više ljudi, uzrokujući da ih dižu. Isprva su samo utjecali na ljude unutar Akademije, ali sada se proširuje dosega u selo. Može li se zaustaviti? A kasnije, vizualni Jutsu postavlja Boruto u snu - i nakon toga, Boruto izjavljuje da je san probudio svoj Byakugan, Kekkei Genkai jedinstven za Hyuga Clan. Naruto mu ne vjeruje, pa Boruto traži savjet svog djeda, Hiashi Hyuga.

Pod vodstvom svog oca i djeda, Boruto Spars sa svojom tetkom Hanabijem. Boruto je tražio ovaj meč kako bi pobijedio prihvatanje od svog oca, ali bez obzira koliko naporno pokušava, ne može aktivirati svoj Byakugan u bilo kojem obliku. Počinje sumnjati da je uopće ugledao sjenu iskrivljenu čakri i osjeća se još gore kada ljudi počnu misliti da je lagao. Ali tada Boruto vidi drugu osobu manipulira misterioznom sjenom.

Borto nadimci misterioznu sjenu "Ghost" i uzbuđen je kad se on i njegovi prijatelji Shikadai i Mitsuki odluče riješiti nedavne "incidente duhova". Shino potajno daje Boruto pomoći za ruku tako što daje svoju klasu zadatak za istraživanje različitih radnih mjesta. U međuvremenu, Sai, koji je jednom služio u temelju Anbu Black OPS-a, čini veliko otkriće, istovremeno istražujući isti incident pod naloge iz Hokata.

Tokom obilaska radnih mjesta za njihov školski zadatak, Sumire, Wasabi Izuno i Namida Suzumeno namotaju se u incidentu duha i povrijeđeni su. Boruto se osjeća loše što nije bio tamo da spriječi njihovu štetu i postaje odlučniji da riješi slučaj. Uz pomoć Tayori Kuroyagi Poštar sa poštanskom radnikom, zajedno sa Shikadaiom i Mitsukijem, tim se selo pobliže skelira. Zatim Shikadai i Mitsuki realiziraju jednu mogućnost iz nečega što Boruto kaže ležerno.

Incidenti duhova iznenada su došli do kraja, a Boruto i njegovi razrednici su zbunjeni, ali čini se da Mitsuki zna nešto što ne znaju. Sam Mitsuki shvata da je podvrgnut nekim zagonetnim promjenama i pitanja iz razreda kako bi shvatili njegov prijenos. Ubrzo nakon toga, tajanstvena čakra se počinje širiti širom sela.

Nakon što Mitsuki otkriva više informacija o incidentima duhova, Boruto je odlučan da pronađe i zaustavi krivca! U međuvremenu, sedmo Hokage Naruto i njegovi najviši savjetnici su šokirani kako bi saznali ko je počinitelj iz rezultata Istrage Sai. Upravo tada, Nue-Enormous nathodno zvijer se pojavljuje! Neposredna opasnost za selo prisiljava šesto Hokage, Kakashi, iz penzije!

Kasni Danzo Shimura bio je osnivač i vođa temelje, elitna grana Anbu Black ops. Nedavni incidenti su savladali neko ko se zakleo da nosi na Danzoovim željama. Boruto je u mogućnosti ući u drugi svijet svojim čudnim "okom". Počinitelj drži Gozu Tennou, oružje koje se oslanja na snagu zvijeri Nue, a postavljena je na uništavanju sela. Boruto očajnički pokušava da ih odvrati, ali mogu li Borutove misli osloboditi prokletstvo iz prošlosti?!

Incident duhova koji je prijetio selo skrivenog lista je završeno, a sada Boruto ne može probuditi misterioznu moć koju je koristio. Stvari se vraćaju u normalu u selu i akademiji, ali jedna stvar još uvijek muči Boruto i njegove školske kolege ...