Shinji Ikari pozvan je u Tokio-3 njegov otuđeni otac Gendo, zapovjednik posebne agencije nerv, da brani grad od divovskog anđela pilotiranjem jedinog oružja koji se može boriti protiv čudovišta: evangelion jedinice-01.

Shinji se probudi u bolnici, bez sjećanja na poraz anđela noć prije. Odbijen od strane njegovog oca, Misato odlučuje da uzme Shinju sa njom da živi u svom stanu. Kasnije te noći, sjećanja na bitku protiv anđela dolaze poplava u Shinju.

Shinje počinje pohađati svoju novu školu u Tokiju-3, i teško se baviti slavom bile pilota evangeliju. Touji Suzuhara, koja je mala sestra povrijeđena u Shinju borbi protiv anđela, ljuta je na Shinju. Pojavi se novi anđeo, a Shinji se još jednom pilot Eva-01 pobijedi.

Misato je uznemiren zbog Shinji za ignorisanje njenih naloga u posljednjoj bitci anđeoskih bitka, a on je tako prevladao stres da je eva pilot da on pobjegne. Nakon lutanja oko Tokija-3 nekoliko dana, Shinji se suočava s izborom odustajanja ili boravka u svom novom domu.

Eva-00 se konačno popravlja, a Shinji pokušava upoznati svog enigmatskog pilota, Rei Ayanami, bolje. Međutim, zbunjen je jer je izuzetno u izolično, uopšte nema prijatelja, a cijeli zapis njene prošlosti je izbrisan. Usred toga, vrlo moćan anđeo, plutajući monolit Ramiel, napadi Tokio-3.

Nastavljajući iz prethodne epizode, anđeo Ramiel se buši u geofront da bi direktno napadao nervni štab. Nakon što je Shinji jedva preživjela direktnu konfrontaciju, Misato osmišljava plan za EVA-00 i EVA-01 porazila anđela snajperajući ga sa daljine pomoću Positronic puške koja zahtijeva da se u napajanju ukupne električne snage zahtijeva da se napaja.

Ritsuko gaćaju Shinji o stvarnoj prirodi drugog utjecaja, anđela i evangelijevske misije da ih pobijedi. Misato i Ritsuko pohađaju javnu demonstraciju novog robota za borbu protiv anđela, sami, sagradio suparnički odbrani odbrambenog odbrane na nerv. Međutim, nuklearni robot brzo izlazi iz kontrole, a Shinji mora koristiti EVA jedinicu 01 da učita misato na mlaz samo tako da ona može ući u svoj automatsko isključivač, prije nego što se topi u nuklearnoj eksploziji.

Misato donosi Shinju, zajedno sa Touji i Kensukeom, u masivan UN mornarički konvoj transport evangelion-02 i njenog vatrenog njemačkog pilota, Asuka Langley Souryuu, u Japan. Pratnja Asuka je Misatov stari dečko, Ryouji Kaji. Nakon nekih nespretnih uvoda i okupljanja, flotu napada masivni vodeni anđeo. Asuka pokreće EVA-02 i odlučuje da će ona pobijediti anđela igrajući "Hopscotch" ...

Asuka se pridružuje Šinjinom razredu u školi i ulazi u Misato i njega u svom stanu. Kako se Asuka prilagodi Japanu (ili bolje rečeno da se svi ostali prilagođavaju njoj ...), novim anđeoskim napadima koji su sposobni da se razdvajaju u dvije identične kopije. EVA-01 i EVA-02 su poraženi, a nev je javno ponižen. Sa anđelom u nedeljnom periodu dugog regeneracije nakon đona, JSSDF, Asuka i Šinji moraju naučiti "sinhronizirati" jednim pokretima borbe, kako bi ga pobijedili jednom zauvijek.

Piloti Eva razočarani su kako bi saznali da im nije dozvoljeno da krenu na njihov razredni izlet u Okinawa, jer moraju ostati u Tokiju-3 da bi ostali na pozivu u slučaju anđeoskog napada. U međuvremenu, novi anđeo otkriven je u razvoju po krilizalskoj razvojnoj fazi duboko u MAGMA VOLCANO ASAMA ASAMA.

Tokio-3 dolazi na mirovanje kada sabotaža izbacuje svu snagu, a osoblje se mora prigušiti za ručno pokretanje Evasa kada se anđeo pojavi u sredini zamračenja.