Shinji Ikari pozvan je u Tokio-3 njegov otuđeni otac Gendo, zapovjednik posebne agencije nerv, da brani grad od divovskog anđela pilotiranjem jedinog oružja koji se može boriti protiv čudovišta: evangelion jedinice-01.

Shinji se probudi u bolnici, bez sjećanja na poraz anđela noć prije. Odbijen od strane njegovog oca, Misato odlučuje da uzme Shinju sa njom da živi u svom stanu. Kasnije te noći, sjećanja na bitku protiv anđela dolaze poplava u Shinju.

Shinje počinje pohađati svoju novu školu u Tokiju-3, i teško se baviti slavom bile pilota evangeliju. Touji Suzuhara, koja je mala sestra povrijeđena u Shinju borbi protiv anđela, ljuta je na Shinju. Pojavi se novi anđeo, a Shinji se još jednom pilot Eva-01 pobijedi.

Misato je uznemiren zbog Shinji za ignorisanje njenih naloga u posljednjoj bitci anđeoskih bitka, a on je tako prevladao stres da je eva pilot da on pobjegne. Nakon lutanja oko Tokija-3 nekoliko dana, Shinji se suočava s izborom odustajanja ili boravka u svom novom domu.

Eva-00 se konačno popravlja, a Shinji pokušava upoznati svog enigmatskog pilota, Rei Ayanami, bolje. Međutim, zbunjen je jer je izuzetno u izolično, uopšte nema prijatelja, a cijeli zapis njene prošlosti je izbrisan. Usred toga, vrlo moćan anđeo, plutajući monolit Ramiel, napadi Tokio-3.

Nastavljajući iz prethodne epizode, anđeo Ramiel se buši u geofront da bi direktno napadao nervni štab. Nakon što je Shinji jedva preživjela direktnu konfrontaciju, Misato osmišljava plan za EVA-00 i EVA-01 porazila anđela snajperajući ga sa daljine pomoću Positronic puške koja zahtijeva da se u napajanju ukupne električne snage zahtijeva da se napaja.