Shinji Ikari pozvan je u Tokio-3 njegov otuđeni otac Gendo, zapovjednik posebne agencije nerv, da brani grad od divovskog anđela pilotiranjem jedinog oružja koji se može boriti protiv čudovišta: evangelion jedinice-01.

Shinji se probudi u bolnici, bez sjećanja na poraz anđela noć prije. Odbijen od strane njegovog oca, Misato odlučuje da uzme Shinju sa njom da živi u svom stanu. Kasnije te noći, sjećanja na bitku protiv anđela dolaze poplava u Shinju.

Shinje počinje pohađati svoju novu školu u Tokiju-3, i teško se baviti slavom bile pilota evangeliju. Touji Suzuhara, koja je mala sestra povrijeđena u Shinju borbi protiv anđela, ljuta je na Shinju. Pojavi se novi anđeo, a Shinji se još jednom pilot Eva-01 pobijedi.

Misato je uznemiren zbog Shinji za ignorisanje njenih naloga u posljednjoj bitci anđeoskih bitka, a on je tako prevladao stres da je eva pilot da on pobjegne. Nakon lutanja oko Tokija-3 nekoliko dana, Shinji se suočava s izborom odustajanja ili boravka u svom novom domu.

Eva-00 se konačno popravlja, a Shinji pokušava upoznati svog enigmatskog pilota, Rei Ayanami, bolje. Međutim, zbunjen je jer je izuzetno u izolično, uopšte nema prijatelja, a cijeli zapis njene prošlosti je izbrisan. Usred toga, vrlo moćan anđeo, plutajući monolit Ramiel, napadi Tokio-3.

Nastavljajući iz prethodne epizode, anđeo Ramiel se buši u geofront da bi direktno napadao nervni štab. Nakon što je Shinji jedva preživjela direktnu konfrontaciju, Misato osmišljava plan za EVA-00 i EVA-01 porazila anđela snajperajući ga sa daljine pomoću Positronic puške koja zahtijeva da se u napajanju ukupne električne snage zahtijeva da se napaja.

Ritsuko gaćaju Shinji o stvarnoj prirodi drugog utjecaja, anđela i evangelijevske misije da ih pobijedi. Misato i Ritsuko pohađaju javnu demonstraciju novog robota za borbu protiv anđela, sami, sagradio suparnički odbrani odbrambenog odbrane na nerv. Međutim, nuklearni robot brzo izlazi iz kontrole, a Shinji mora koristiti EVA jedinicu 01 da učita misato na mlaz samo tako da ona može ući u svoj automatsko isključivač, prije nego što se topi u nuklearnoj eksploziji.

Misato donosi Shinju, zajedno sa Touji i Kensukeom, u masivan UN mornarički konvoj transport evangelion-02 i njenog vatrenog njemačkog pilota, Asuka Langley Souryuu, u Japan. Pratnja Asuka je Misatov stari dečko, Ryouji Kaji. Nakon nekih nespretnih uvoda i okupljanja, flotu napada masivni vodeni anđeo. Asuka pokreće EVA-02 i odlučuje da će ona pobijediti anđela igrajući "Hopscotch" ...

Asuka se pridružuje Šinjinom razredu u školi i ulazi u Misato i njega u svom stanu. Kako se Asuka prilagodi Japanu (ili bolje rečeno da se svi ostali prilagođavaju njoj ...), novim anđeoskim napadima koji su sposobni da se razdvajaju u dvije identične kopije. EVA-01 i EVA-02 su poraženi, a nev je javno ponižen. Sa anđelom u nedeljnom periodu dugog regeneracije nakon đona, JSSDF, Asuka i Šinji moraju naučiti "sinhronizirati" jednim pokretima borbe, kako bi ga pobijedili jednom zauvijek.

Piloti Eva razočarani su kako bi saznali da im nije dozvoljeno da krenu na njihov razredni izlet u Okinawa, jer moraju ostati u Tokiju-3 da bi ostali na pozivu u slučaju anđeoskog napada. U međuvremenu, novi anđeo otkriven je u razvoju po krilizalskoj razvojnoj fazi duboko u MAGMA VOLCANO ASAMA ASAMA.

Tokio-3 dolazi na mirovanje kada sabotaža izbacuje svu snagu, a osoblje se mora prigušiti za ručno pokretanje Evasa kada se anđeo pojavi u sredini zamračenja.

Misato je unapređen na majore, ali proslava ne traje dugo. Monstruozni anđeo pojavljuje se u zemlji u zemlji, kada su Gendo i Fuyutsuki udaljeni, napuštajući nje i djecu da se bave kolosalnom kamikazeom prijeteći da će se spustiti na vrh Tokio-3.

Rutinski test koji uključuje pilote Eva pretvara se u borbu za opstanak kada se pojavi u potpunosti novi tip anđela i širi se unutar živčane štab. Ovaj novi, a anđeo koji se bavi računarom prijeti da će za cijeli objekt isključiti samouništavanje za cijeli objekt, ostavljajući dr. Ritsuko Akagi u utrci protiv vremena za spašavanje geofronta i uništiti anđela.

U prvoj polovini epizode prikazan je Clip Show Odboru za Human Instrumental of Seele, pregledavajući napade svih anđela do ove tačke. Drugi dio uključuje pjesmu u kojem REI razmatra svoje vlastito postojanje, te test unakrsne kompatibilnosti između REI-jevih i Shinjina eva.

Čini se kao da je važan dan za gotovo sve na nergu. Misato i Ritsuko idu na vjenčanje; Shinji i Gendo posećuju Yuijevu grobu; Asuka ima sastanak. Međutim, važne stvari će proljeće iz ovih naizgled svjetovnih događaja.

Shinji tuče Asuku u testu za sinhronu, velikomnost njenoj neugodnosti. Ne predugo nakon toga, Eva se otprema da se bave misterioznim ukazanjem, a EVA-01 se usisava u crninu sličnu sjenu koja se ne materijalno od toga proizlazi iz ništavila. Iako se hitna operacija za spašavanje snimljenih Eva izmišljena, Shinji ide na izlet u dubine svoje svijesti ...

Obriši se u Nevadi u Nevadi u katastrofalnoj nesreći, a sedište nerga se priprema za stanicu novi evangelion u Japanu. Odabrano je četvrto dijete, nepoznato u Shinji.

Evangelion Unit-03 stiže iz Sjedinjenih Država. Međutim, njegov eksperiment za aktivaciju otkriva najgoru noćnu moru nerđa kada se ispostavilo da su zarazili trinaesti anđeo. Drugi Evasi se otpremaju da bi se borile sa gadošću zaraženom anđelom ... čak i u riziku da ubije svoj bespomoćni pilot.

Osvojen preko Toujijeve smrti u rukama vlastitog Eva, Shinji se ponovo odbija pilotirati evangeliju i priprema se za napuštanje Tokija-3 za dobro. Prisiljen je preispitati tu odluku kada neizmjerno destruktivni novi anđeo napadi baš kao što će uskoro otići ...

Shinji je postigao neviđen 400% omjer sinhronizacije sa EVA-01 tokom bitke sa Zeruelom, u straljivom učinku. S EVA je uspio na status živog Boga i Šinja apsorbiran unutar njega, Ritsuko bezuspješno pokušava da ga oporavi.

Kouzou Fuyusuki je oteo i ispitivao Sele, koji su prestravljeni zbog rezultata zadnjeg susreta sa anđelom. Prepričava svoju prošlost, pružajući bljeskalice u stvaranje žica. Otkrivene su i prošlosti Misato Katsuragija, Ritsuko Akagi, Rei Ayanami i Yui Ikari. Ryouji Kaji, u međuvremenu, odlučuje da sazna istinu, bez obzira na troškove.

Stopa sinhrona Asuka nalazi se na padajućoj spiralu nakon njenog poraza u rukama četrnaestog anđela, Zeruel-a i njene frustracije sa REI, Shinjem, Misato i Ryouji u usponu. Angrier i više poremećeniji nego ikad, prisiljena je da ponovo oživi tamnu, traumatičnu prošlost tokom susreta sa petnaestom anđelom, Araelom.