Eva-00 se konačno popravlja, a Shinji pokušava upoznati svog enigmatskog pilota, Rei Ayanami, bolje. Međutim, zbunjen je jer je izuzetno u izolično, uopšte nema prijatelja, a cijeli zapis njene prošlosti je izbrisan. Usred toga, vrlo moćan anđeo, plutajući monolit Ramiel, napadi Tokio-3.